Todo comenzó en el año 1968 en el Pueblo Joven “San Martín de Porres” cuando surgió un profundo deseo de contar con una escuela y un templo para la comunidad. Mons. Gabino Peral de la Torre, a través del P. Benjamín Martínez Iglesias, OSA, solicitó un terreno para hacer realidad estos anhelos. Finalmente, se consiguió el terreno actual donde se construyeron el colegio, el templo y la casa cural. El 12 de octubre de 1968, se creó la Parroquia San Martín de Porres con un decreto y se colocó la primera piedra con la presencia del Obispo.
El primer párroco fue el P. Felicísimo Prieto Martínez, OSA, y las liturgias se celebraban en el entorno de la escuela hasta que se completara la construcción del templo. Fue en 1973 cuando se culminó esta obra, y la comunidad de fe comenzó a crecer alrededor de este nuevo espacio sagrado. A lo largo de los años, la parroquia tuvo varios párrocos y encargados, cada uno aportando su estilo y dinamismo.
En 1983, se inició la construcción de la casa cural y salones parroquiales. También llegó la comunidad religiosa de las Franciscanas Misioneras de María, quienes apoyaron la pastoral parroquial durante más de una década.
En 1993, surgieron nuevos grupos juveniles y de adultos, y ese mismo año comenzó el Proyecto de Renovación Diocesana, que dividió la parroquia en seis zonas pastorales.
Con la llegada del P. Jairo Agudelo Ramírez, en 1995, se llevó a cabo una reestructuración y ampliación del templo. En 1996, el P. Raymond Portelli asumió como párroco y realizó mejoras en el techo y el piso del templo, además de inaugurar un bautisterio para la celebración de bautismos por inmersión. En el año jubilar del 2000, se inauguró la Capilla del Santísimo como anexo al templo. El 15 de noviembre de 2004, el Templo fue consagrado por Mons. Julián García Centeno.
En el 2018, la Parroquia San Martín de Porres celebró sus Bodas de Oro con una emotiva Eucaristía presidida por el Obispo Mons. Miguel Olaortua Laspra (QEPD) y la Eminencia Mario Grech, aquel entonces obispo emérito de Gozo (Malta).
Esta historia es un testimonio de fe, perseverancia y comunidad, donde la Parroquia San Martín de Porres ha sido un faro de esperanza y un lugar de encuentro espiritual para la comunidad de Iquitos durante más de cinco décadas.